12 тысяч лет назад природа сменила свое ледяное дыхание на более теплое. Ледники, казавшиеся вечными, начали постепенно таять. Со временем климат и ландшафт Хакасии принимают примерно те очертания, которые мы сейчас наблюдаем. Доживает свои последние века исполин ледникового периода - мамонт. Многие животные, привыкшие к холодному климату, мигрируют на север, в том числе излюбленный объект охоты - северный олень. Людям пришлось приспосабливаться к охоте на новых животных степей и лесостепей, которые мельче, подвижнее и не сбиваются в большие стаи.
Необходимо было отказываться от стратегии загонно-облавной охоты, преобладавшей в палеолите. Охотникам приходилось выслеживать добычу, подолгу сидеть в засаде. Для успеха подобной охоты требовались увеличение дистанции поражения добычи и ее точность. Для этого были усовершенствованы каменные наконечники копий и дротиков, все больше распространяются костяные наконечники со вставленными каменными пластинками-вкладышами по краю острия. Позднее в эту эпоху, называемую в археологии мезолитом, появляются лук и стрелы с каменными наконечниками.
Усовершенствования коснулись и других орудий труда. С использованием мелких каменных пластин-вкладышей начали изготовлять ножи. Уменьшаются в размерах скребки и скребла, но при этом их отретушированная рабочая часть становится более острой и ровной. Улучшение навыков обработки камня позволяет мастерам выбивать из бесформенной гальки двусторонние оббитые топоры и тесла довольно совершенных форм. В конце мезолита люди начинают такие орудия прошлифовывать.
Все эти изменения, конечно же, не произошли в одночасье. Сначала с наступлением потепления люди, жившие в Хакасии в ледниковый период, продолжали здесь проживать, как и раньше, особо не изменяя свой облик культуры. Во многих случаях, археологам даже трудно определить, к какой эпохе каменного века относится выявленная стоянка: к эпохе верхнего палеолита или к началу мезолита? Но постепенно изменения в природе и в стратегии охоты изменили образ жизни людей. Человеческие сообщества стали меньше, и они стали часто переселяться, этого требовала сезонная охота. Наступает эра бродячих охотников и собирателей. Возможно, из-за их кочевого образа жизни археологам крайне редко попадаются места проживания людей эпохи мезолита.
Примерно 8 тысяч лет назад или в VI тыс. лет до н.э. в Хакасии начинается завершающая эпоха каменного века - неолит. Обработка камня в это время достигает своего наивысшего расцвета. Начинается активно применяться техника шлифования, пиления и сверления камня. Пиление производилось специальными пилами из песчаника, причем обработке стал подвергаться такой необычайно твердый минерал, как нефрит. Например, известны полированные топоры, выполненные из саянского зеленого нефрита. Продолжает развиваться использование каменных вкладышей в костяных орудиях. Техника обивки камня также не стоит на месте: преобладают орудия, поверхность которых полностью обработана струйчатой ретушью. Появляются разнообразные формы наконечников стрел: лавровидные, треугольные, треугольные с выемкой у основания или, наоборот, с черешком.
Основой хозяйства, как и раньше, была сезонная охота и собирательство. Охотники промышляли не только в степи и лесостепи, но и уходили глубоко в тайгу, чтобы добыть крупного зверя: лося или марала. Рыболовство, возможно, в Хакасии появилось и ранее, но в неолитическую эпоху его роль значительно возрастает. На берегах рек и озер появляются селения рыболовов-охотников, которые, в отличие от чистых охотников, подолгу проживают на одном месте. Здесь люди жили в наземных жилищах, в центре которого устанавливался очаг в виде небольшой ямы, стенки которой укреплялись гранитным булыжником. Рыбу ловили составными крючками, используя вырезанные из камня рыбы-приманки.
Появление таких поселений связано с переселением в IV тыс. до н.э. в Хакасско-Минусинскую котловину некоторых племен из долины реки Ангара. Это население приносит сюда знание лепки и обжига керамических сосудов. Они изготовляли в основном круглодонные или яйцевидные сосуды с прямым венчиком. Внешнюю поверхность первых в Хакасии сосудов полностью украшали орнаментом в виде различных композиций: оттисков гребенки, орнамента, выстроенного горизонтально и напоминающего рисунок елки, рядов ломаных линий, горизонтальных линий, глубоких ямок у венчика и неглубоких тычков палочки. Объем сосудов достигал 20 литров.
С новым населением, вероятнее всего, связано и появление в Хакасско-Минусинской котловине наскального изобразительного искусства, до того здесь не известного. Образцы такого искусства обнаружены на скальных поверхностях таких гор, как Оглахты и Тепсей, но больше всего их на Шалоболинской писанице. Здесь представлена целая галерея неолитических изображений, основным персонажем которых является лось. Есть одиночные изображения и групповые. Животное представлено в движении. У лося массивный корпус и характерный горб над лопатками, у некоторых изображены ребра и даже сердце. Голова прорисована реалистично с поднятыми к верху и раздвинутыми ушами. Одна из стилистических черт изображения морды - это утолщенная и свисающая верхняя губа.
Помимо лося, с не меньшей детальностью нарисованы дикие быки. Другие животные, а именно кабаны, медведи, а также рыбы выполнены менее искусно. Люди нарисованы в основном плывущими на длинных лодках, при этом довольно схематично, из чего видно, что для человека той эпохи животное имело большую значимость. Это говорит о тотемистическом мировоззрении древнего охотника. Ведь от животных зависела его жизнь, и не случайно, что он их обожествлял и считал творцами всей Вселенной и человеческого рода. Также изображение животных, возможно, связано с охотничьей магией. Переживая образно момент убиения изображенного животного, человек программировал удачу на будущей охоте.
Изображение людей в лодке, возможно, показывает реалистическую картину отправки мужчин рода на охоту или рыбную ловлю, а возможно, показывает представления людей о переселении душ умерших по реке в потусторонний мир. Существование у людей представлений о том, что человек продолжает жить после смерти, подтверждаются наличием, правда в небольшом количестве, погребений позднего неолита, где в погребальное сопровождение укладывались украшения и предметы быта, которыми умерший должен был пользоваться на том свете.