В 745 г. под ударами нового кочевого государства уйгуров пал Второй тюркский каганат. Тем самым кыргызы вновь обрели свободу. И уже в 751 г. они вместе с другими народами выступили против очередных гегемонов Центральной Азии - уйгуров. Но уйгурский каган Моюн-чур, разгадав замыслы врагов, начал разбивать их по одиночке. В 758 г. пришла очередь кыргызов. Кыргызский каган утрачивает свой царственный титул и становится вассалом уйгуров. В 795 г., когда в Уйгурском каганате произошел династический кризис, кыргызы, воспользовавшись сумятицей, восстали. Но новый уйгурский каган Кутлуг разгромил армию повстанцев.
Снова за оружие кыргызы взялись в 20-е гг. IX столетия. Тогда кыргызский правитель Ажо сказал уйгурскому кагану: «Твоя судьба кончилась, я скоро возьму золотую твою орду, поставлю перед нею моего коня, водружу мое знамя». Целых 20 лет продолжалась кыргызо-уйгурская война, и в 840 г. кыргызы одержали победу над уйгурами, разорив их столицу Орду-Балык.
После восстановления независимости, когда кыргызский правитель Ажо снова приобрел титул кагана, и до XIII в. кыргызская культура переживает наивысший расцвет. Государственность достигает уровня каганата, создается сложный аппарат, состоящий из различного рода чиновников: беков, эльтеберов, тарханов, тутуков и т.д., во главе которых стоял каган, обладавший абсолютной властью. Он устанавливает строгие законы, по которым, например, отцу вора вешали на шею отрубленную голову сына. Воспитавший вора должен был ее носить до самой смерти.
Границы владений енисейских кыргызов до начала X в. распространяются далеко за пределы Хакасско-Минусинской котловины - от реки Иртыш на западе до реки Селенга на востоке, от реки Ангары на севере до Восточного Туркестана на юге. Позже до XIII в. в подчинении кыргызов оставался Саяно-Алтай. В период IX-X вв. развитие военного искусства кыргызов достигает наивысшего расцвета. Показателен зафиксированный Ю. С. Худяковым факт того, что такого разнообразия форм наконечников стрел, которые имелись в арсенале кыргызского воина, нет больше ни в одной другой кочевой культуре.
Происходит прогрессивное развитие металлургии, так, по данным Я.И. Сунчугашева, в VIII-XII вв. происходит существенное увеличение объемов железоплавильных горнов. Вероятнее всего, именно ко времени политической стабильности после 840 г. относится сооружение большей части оросительных каналов, способствовавших интенсификации как скотоводческого хозяйства, так и земледелия.
Наивысшего подъема к IX в. достигает искусство декоративного украшения металлических изделий. Мастера изготавливали настоящие шедевры орнаментального искусства из золота и серебра. Например, золотые кувшины-кружки с накладным растительным орнаментом, золотая тарелка с чеканным узором, найденные при исследовании Копенского чаа таса. Кыргызским ювелирам были известны такие приемы, как штамповка и литье с рельефным, прорезанным и фигурным орнаментом, чеканка, гравировка, серебряная аппликация, горячее золочение, инкрустация и т.д. В IX-X вв. большое распространение получают бронзовые ременные накладки со сложным растительным орнаментом и позолоченной поверхностью.
Не случайно период IX-X вв. ученые называют эпохой «кыргызского великодержавия», когда культура енисейских кыргызов во всех своих проявлениях была в самом зените своего развития. Глобальные события в истории этого народа и подъем творческого потенциала повлияли на существенные сдвиги в их культуре. Это отразилось даже на таком консервативном элементе культуры, как погребальный обряд. С середины IX в. перестают сооружать чаа тасы. Покойных так же, как раньше, предавали огню, но остатки трупосожжения хоронили уже в небольшой ямке, а с XI в. эти остатки укладывали прямо на поверхность земли. Вокруг захоронения сооружали округлую каменную ограду из выложенных плашмя плиток. Этот обряд в общих чертах сохраняется и в монгольскую эпоху.
Еще в VIII в. начинается строительство зданий из сырцового кирпича. Таких в Хакасии раскопано Л. Р. Кызласовым два. Первое располагалось в дельте р. Уйбат. Оно представляло собой прямоугольное сооружение 72х37 м. Вход в здание был с востока. Также с востока стена была укреплена четырьмя башнями, две из которых были восьмиугольной формы. Внутреннее помещение было разделено на две части. В главном зале крышу поддерживало 169 деревянных колонн, опиравшихся на каменные плиты. Вероятно, этот зал предназначался для проведения торжественных мероприятий. В IX в. строят еще одно здание, которое носило административный характер, что связано с усложнением государственного устройства.
Второе сырцовое здание было найдено в верховьях Уйбата. Первоначально для сооружения сырцовых стен была воздвигнута каменная платформа из гранитных валунов высотой 1,7 м. Здание было прямоугольным, размерами 37,5 х 28,5 м. Основной вход в здание был с восточной стороны, к нему вел пологий пандус. Здание не имело отопительной системы, это говорит о том, что оно использовалось только в летнее время и, скорее всего, для проведения каких-то торжественных ритуалов. Л. Р. Кызласов считает, что это был манихейский храм.
С XI в. также изменяется облик многих предметов материальной культуры. Вместо ранее распространенных бронзовых изделий конского убранства начинают преобладать железные узкие бляшки, наконечники ремней, пряжки, среди них много вещей, инкрустированных серебром или золотом. Появляются новые формы стремян, с прорезями для ремня в дужке. У удил вместо эсовидных псалий появляются кольца и прямые псалии с одним загнутым концом, а также в виде кольца.
В 1207 г. енисейские кыргызы под давлением войск Джучи без сопротивления подчиняются Чингисхану. После неоднократных восстаний, которые они поднимали против монголов, и карательных походов против кыргызов часть населения Хакасско-Минусинской котловины была уничтожена, много людей были уведены с родных мест. Эти события не могли не отразиться негативно на их культуре. В археологии до сих пор XV-XVI вв. считаются белым пятном - это, скорее всего, объективно отражает значительный упадок культуры енисейских кыргызов. Были потеряны такие культурные достижения как письменность, утрачены многие навыки ювелирного искусства, заброшены оросительные каналы, деградировало земледелие.